Программа для ЭВМ «Система визуализации синтенных блоков и сравнения геномных сборок (СиГраф)»

Патентообладатель

ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Генаев М.А., Афонников Д.А.

Краткая характеристика

Разработанная программа осуществляет визуализацию выравнивания геномных сборок, состоящих из большого количества контигов, используя метод, основанный на графах. Программа имеет веб интерфейс и может быть установлена на серверах под управлением ОС Linux.

Области возможного использования

Программа «SyGraph» может быть использована при проведении высокотехнологичных исследований в области геномики и протеомики, цель программы – выявление «скрытого» кодирующего потенциала уже известных эукариотических мРНК.

Степень готовности разработки к практическому применению

Программа «SyGraph» готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Использование программы позволит осуществлять поиск синтенных блоков в геномных сборках и визуализации найденных блоков с различной степенью детализации, начиная от анализа отдельных небольших участков последовательности одного контига, заканчивая реконструкций связей между всеми контигами анализируемых организмов в виде графа.

Сравнительные характеристики с известными разработками

В последнее время представлены как консольные программы определения синтенных блоков, какие как CYNTENATOR, DRIMM-Synteny, i-ADHoRe 3.0, inferCars, OSfinder и Sibelia, так и программные пакеты для расчёта и последующей визуализации данных, представляющие stand-alone приложения с графическим пользовательским интерфейсом, например, GenomeMatcher, Mauve, MizBee и SyMap. Известные программы Gbrowse syn и Sybil являются доступными через браузер приложениями, которые могут помочь пользователю визуализировать информацию о синтении. Все эти программные продукты ориентированы на геномные сборки, состоящие из хромосом. Однако из всех опубликованных эукариотических геномов только для 14% геномов собраны хромосомы, а для остальных 86% известны только последовательности — контиги или скаффолды, количество которых в сборках измеряется сотнями и тысячами. Отличительной особенностью системы «SyGraph» является ориентированность на полногеномные сборки, состоящие из большого количества последовательностей (контигов).

Патентная защита разработки

Свидетельство о регистрации № 2016662989, зарегистрирована в Реестре программ для ЭВМ 28.11.2016.