Программа для ЭВМ «Программа для анализа эволюционных характеристик генных сетей (Ортоскейп)»

Патентообладатель

ФГБНУ ИЦиГ СО РАН

Авторы

Лашин С.А., Афонников Д. А., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Гунбин К.В.

Краткая характеристика

Путём анализа гомологичных генов (паралогов/ортологов), для каждого гена сети могут быть вычислены такие эволюционные характеристики, как предполагаемый филостратиграфический возраст гена и индекс селективного давления отбора (da/ds). Кроме того, гомологичные гены могут быть скомбинированы в кластеры для более удобной работы с ними.

Области возможного использования

Программа «Orthoscape» может быть использована для эволюционного исследования генных сетей и метаболических путей в фундаментальных, образовательных и прикладных целях.

Степень готовности разработки к практическому применению

Программа «Orthoscape» готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Разработанная программа позволит исследователю лучше понять эволюционные особенности как отдельных генов, так и генной сети в целом, определять узкие места сети, а также сравнивать разные сети между собой, используя различные эволюционные характеристики.

Сравнительные характеристики с известными разработками

По сравнению с существующими программными системами для анализа биологических сетей, программа «Orthoscape» является наиболее популярной благодаря тому, что предоставляет сторонним разработчикам возможности по разработке дополнительных расширений (ранее плагины/plugins, с недавнего времени – приложения/applications) этой системы с их последующей интеграцией в систему. Программа «Orthoscape», разработанная как приложение Cytoscape, является первой и на сегодняшней день единственным приложением Cytoscape для исследования эволюционных характеристик генных сетей и метаболических путей.

Патентная защита разработки

Свидетельство о регистрации № 2016663729, зарегистрирована в Реестре программ для ЭВМ 15.12.2016.