Программа для оценки обогащённости функциональными взаимодействиями экспериментальных наборов генов (ФанДжинНет)

Разработчик: ФГБНУ «ФИЦ ИЦиГ СО РАН»

Авторы: Тийс Е.С., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко В.А.

Краткая характеристика:

Программа «ФанДжинНет» осуществляет расчёт обогащённости функциональными связями интересующей группы генов на основе сравнения числа связей внутри интересующей группы генов и в случайных группах генов.

Области возможного использования:

Программа «ФанДжинНет» может быть использована в области генетики, молекулярной биологии, медицины и биотехнологии.

Степень готовности разработки к практическому применению:

Программа «ФанДжинНет»  готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Возможный технический эффект ‑ ускорение выявления и уточнения механизмов широкого спектра биологических, биотехнологических и патологических процессов.

Сравнительные характеристики с известными разработками

По сравнению с программой CrossTalkZ программа FunGeneNet не проводит пермутацию всей глобальной сети, вследствие чего FunGeneNet для базы данных STRING проводит вычисления на порядок быстрее. FunGeneNet позволяет работать с базой данных ANDSystem в отличие от CrossTalkZ. FunGeneNet использует строгое ограничение на степень вершины в глобальной сети для генов/белков из случайных наборов, по сравнению с нестрогим ограничением на степень вершины в CrossTalkZ.

Защита разработки: Свидетельство о госрегистрации № 2018619847, зарег. 31.08.2018.