Программа поиска кластеров сайтов ChIP-seq в геноме «КланЧиПикс»

Разработчик: ФГБНУ «ФИЦ ИЦиГ СО РАН»

Авторы: Цуканов А.В., Орлов Ю.Л.

Краткая характеристика:

Программа работает с данными, полученными по технологии ChIP-seq и записанными в файл с разрешением bed. Программа позволяет анализировать пики геномного профиля связывания ChIP-seq и проводить кластеризацию пиков ChIP-seq. Программа получает графики и таблицы, которые содержат результаты расчетов, связанные с описанием и кластеризацией пиков CHIP-seq.

Гистограмма распределения значения lg(p-value) для пиков ChIP-seq, которые находятся в кластерах и вне в кластеров/

Тепловая карта коэффициентов корреляции встречаемости пиков ChIP-seq в кластерах.

Области возможного использования:

Программа «КланЧиПикс» представляет интерес для исследователей, работающих в области теоретической и экспериментальной молекулярной биологии и генетики, биоинформатики.

Степень готовности разработки к практическому применению:

Программа «КланЧиПикс» готова к практическому применению.

Возможный технический и (или) экономический эффект

Использование программы позволит расширить возможности анализа данных ChIP-seq и позволит выявлять новые регуляторные участки генома.

Сравнительные характеристики с известными разработками

Известны такие программы как ChIPpeakAnno и ChIPseeker, которые позволяют проводить анализ отдельных пиков ChIP-seq, однако не имеют возможности проводить кластеризацию пиков профиля ChIP-seq различных транскрипционных факторов одновременно.

Защита разработки: Свидетельство о госрегистрации № 2018619482, зарег. 07.08.2018.